Ainda em fase de conclusão, um estudo encomendado pelo Ministério Público Estadual (MPE) e realizado pela S.O.S. Amazônia está identificando as principais fontes poluidoras do Rio Acre. Dados preliminares mostram que os danos são causados pelo despejo de esgoto in natura, de águas servidas e de lixo doméstico e industrial.
Desde a sua nascente em território peruano, o manancial corta 8 cidades e inúmeros vilarejos. Ao longo de seu percurso (1.190 Km), quase toda a mata ciliar já foi destruída causando erosões, que fazem diminuir a sua lâmina d´água. O desmatamento das margens do rio para a extração de madeiras ou das queimadas da floresta para a criação de gado causam danos irreversíveis ao meio ambiente. Com as cosntantes queimadas e o desmatamento, surgem cicatrizes no solo (exemplos: ‘filetes’, ‘ravinas’ e ‘voçorocas’).
A erosão provoca a remoção de massas em função da água da chuva que satura o solo. Com não é consolidado, ele vem abaixo em direção do rio provocando assoreamento, que já está em estado bastante avançado. Nos últimos anos, esse fator tem se agravado, notadamente em Rio Branco, prejudicando-a. Vá-rias casas, ruas e prédios já foram interditados.
O Vale do Rio Acre é bastante povoado. As principais cidades instaladas à beira do rio são: Iñapari (Peru), Assis Brasil, Brasiléia, Cobija (Bolívia), Epitaciolândia, Xapuri, Rio Branco, Porto Acre e Boca do Acre. Recentemente vereadores de todas estas cidades resolveram lutar contra a degradação e poluição do manancial.